根据培养基上同菌群的生长形态不同，便可区分大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌，从微生物形态学分类：大肠菌属大肠菌群，金黄色葡萄球菌属球菌，枯草杆菌属产孢杆菌。
1.大肠杆菌：伊红蓝培养基中的大肠杆菌菌落呈深紫色，有金属光泽，革兰氏染色镜检显示革兰氏阴性、单排、短杆菌。
2.枯草芽孢杆菌：枯草芽孢杆菌可以用牛肉提取物蛋白胨培养基培养，菌落表面粗糙不透明，白色或淡黄色，圆形或不规则形状，革兰氏染色显微镜检查显示革兰氏阳性，链状排列，杆状比大肠杆菌大得多。
3.金黄色葡萄球菌：呈球形，培养基中菌落特征为圆形，菌落表面光滑，颜色为无色或金色，无膨胀生长特征。当金黄色葡萄球菌在哥伦比亚血培养皿中培养时，在光照下观察到在菌落周围形成透明的溶血圈。金黄色葡萄球菌在显微镜下排列成葡萄串，大多数细菌没有鞭毛，也没有金黄色葡萄球菌孢子。